Stefano Vaccari ha svolto incarichi di Direttore Generale e di Capo Dipartimento al Ministero delle politiche agricole alimentari e forestali, nonché di Commissario straordinario di Ente pubblico. È stato componente effettivo del Consiglio Superiore dei Lavori Pubblici, massimo Organo tecnico consultivo dello Stato. Vice Capo dell’Ufficio legislativo del MIPAAF, ha inoltre svolto molteplici incarichi di natura tecnica, economica e giuridica.

Ha partecipato alla redazione del decreto legislativo n. 228 del 2001, di orientamento e modernizzazione del settore agricolo ed ha direttamente curato la redazione del decreto legislativo n. 227 del 2001, di orientamento e modernizzazione del settore forestale (riconoscimento formale da parte del Ministro pro-tempore del ruolo svolto).